
Kota Jayapura adalah sebuah kota sekaligus menjadi pusat pemerintahan Provinsi Papua, Indonesia. Kota ini juga merupakan ibu kota provinsi yang terletak paling timur di Indonesia, dan berbatasan langsung dengan negara Papua Nugini, yang terletak di Teluk Jayapura. Kota ini didirikan oleh Kapten Infanteri F.J.P. Sachse dari kerajaan Belanda pada 7 Maret 1910. Dari tahun 1910 ke 1962, kota ini dikenal sebagai Hollandia merupakan ibu kota distrik dengan nama yang sama di timur laut Pulau Papua bagian barat.
Pada tahun 1964, kota ini sempat disebut Kota Baru dan Sukarnopura (EBI: Sukarnapura), sebelum menyandang nama yang sekarang pada tahun 1968. Pada Akhir tahun 2024, jumlah penduduk Kota Jayapura sebanyak 404.799 jiwa.
Kota Jayapura, sebagai ibu kota provinsi, dihuni oleh warga yang berasal dari beragam suku bangsa. Suku bangsa mayoritas di kota ini adalah suku pendatang atau non Papua asli. Data Sensus Penduduk Indonesia 2010, penghitungan berdasarkan penduduk jenis kelamin laki-laki, maka penduduk asli orang Papua sebanyak 47.987 jiwa (35,13%), sementara orang non asli Papua sebanyak 88.600 jiwa (64,87%). Suku asli Papua umumnya merupakan suku Sentani, Tobati, Biak, dan lainnya. Kota Jayapura masuk kedalam wilayah adat Mamta. Sementara suku lain non Papua asli termasuk Jawa, Makassar, Bugis, asal Maluku, asal Nusa Tenggara Timur, Batak, Minahasa, Tionghoa, dan lainnya.
Pasar Sentral Mama-Mama, Kota Jayapura Pasar Yotefa, Abepura Pasar Koya, Muara Tami Pasar Hamadi, Jayapura Selatan Pasar Inpres Tanjung Ria, Jayapura Utara Pasar Kaget, Kotaraja Pasar Expo, Waena Pasar Perbatasan Skow, Muara Tami Pasar Pertigaan Koya-Arso, Muara Tami
Arti literal dari Jayapura adalah 'Kota Kemenangan' (bahasa Sanskerta: jaya yang berarti "kemenangan"; pura: "kota"). Nama tersebut menggantikan Sukarnopura dan diberikan Suharto pada masa orde baru sebagai upaya De-Soekarnoisasi untuk menghilangkan sisa-sisa peninggalan Sukarno.
Saat ini ada upaya dari sebagian tokoh masyarakat, penjabat pemerintah, dan akademisi untuk mengubah nama Jayapura menggunakan penamaan lebih lokal seperti Kota Tabi dari kebudayaan wilayah adat Tabi. Kata Tabi berasal dari bahasa lokal dan berarti 'matahari terbit'; atau Port Numbay hingga Numbay saja, yang berasal dari sungai Numbay dan sungai Anafri yang bermuara di teluk Jayapura. Numbay berasal dari Nau O Bwai, Bahasa Kayo Pulau yang berarti 'airnya sangat jernih'.
Bagian utara dari Belanda Nugini diduduki oleh pasukan Jepang pada tahun 1942. Pasukan Sekutu mengusir Jepang setelah pendaratan amfibi dekat Hollandia sejak 21 April 1944. Daerah ini menjadi markas Jenderal Douglas MacArthur sampai penaklukan Filipina pada bulan Maret 1945. Lebih dari dua puluh pangkalan Amerika Serikat didirikan dan setengah juta personel AS bergerak melalui daerah ini.
Irian Barat secara definitif kembali ke pangkuan Ibu Pertiwi pada 1 Maret 1963. Sejak 1 Mei 1963 sampai sekarang, banyak sekali kemajuan dan perubahan yang terjadi di Irian Barat (sekarang Papua). Terjadi perubahan dalam bidang pemerintahan, Ibu kota kabupaten Jayapura dimekarkan menjadi Kota Administratif (Kotif) Jayapura. Berdasarkan Peraturan Pemerintah RI No. 26 Tahun 1979 tanggal 28 Agustus 1979 tentang Pembentukan Kota Administratif Jayapura. Maka dengan ketentuan pelaksanaan Permendagri No. 5 tahun 1979 dan instruksi Mendagri No. 30 tahun 1979, Kota Jayapura pada hari Jumat, 14 September 1979, diresmikan sebagai Kota Administratif oleh Amir Machmud, Menteri dalam Negeri Republik Indonesia. Dengan diterbitkannya Undang-undang No. 6 Tahun 1993 tentang Pembentukan Kotamadya Daerah Tingkat II Jayapura, pada tanggal 2 Agustus 1993, status Kota Administratif Jayapura ditingkatkan menjadi Kotamadya Daerah Tingkat II Jayapura, sehingga Kota Administratif Jayapura di Wilayah Kabupaten Daerah Tingkat II Jayapura dihapus.
Tahun 1999, Presiden Abdurrahman Wahid memenuhi keinginan masyarakat Papua, untuk mengubah nama Irian Jaya menjadi Papua. Nama Papua disebutkan dalam Manifest yang dicetuskan Komite Nasional Papua yang menyatakan, "Nama tanah kami menjadi Papua Barat dan nama bangsa kami menjadi Papua." Manifest tersebut ditulis dalam sebuah harian "Pengantara" pada 21 Oktober 1961. Sehingga, kini Kota Jayapura menjadi sebuah kota dan ibu kota dari Provinsi Papua.
Luas Kota Jayapura adalah 940 Km2 atau 940.000 Ha, terdiri dari 5 distrik, terbagi habis menjadi 25 kelurahan dan 14 kampung. Sedangkan untuk letak astronomis, Kota Jayapura terletak pada 1°28”17,26”LS - 3°58’082”LS dan 137°34’10,6”BT - 141°0’8’22”BT.
Batas Wilayah Kota Jayapura adalah sebagai berikut;
Topografi daerah cukup bervariasi, mulai dari dataran hingga landai dan berbukit/gunung ± 700 meter di atas permukaan laut. Kota Jayapura dengan luas wilayah 94.000 Ha yang terdiri dari 5 Distrik yaitu Distrik Jayapura Utara, Jayapura Selatan, Abepura, Heram dan Muara Tami:
Terdapat ± 30% tanah tidak layak huni, karena terdiri dari perbukitan yang terjal, rawa-rawa dan hutan lindung. Variasi curah hujan antara 45–255 mm/thn dengan jumlah hari hujan rata-rata bervariasi antara 148-175 hari hujan/thn. Suhu rata-rata 22 °C-31,8 °C. Musim hujan dan musim kemarau tidak mempunyai perbedaan yang jelas karena cuacanya yang cenderung basah sepanjang tahun. Kelembaban udara rata-rata bervariasi antara 79%-81% di lingkungan perkotaan sampai daerah pinggiran kota.